A Cidade de Itanhaém foi descoberta e fundada pelo navegador português Martim Afonso de Souza, no dia 22 de Abril de 1.532. Segundo historiadores ele estabeleceu o fundamento da povoação de Itanhaém entre a tribo dos Itanhaens que vivia juntamente com colonos, ao redor de pequeno porteiro na praia de Peruíbe a 13 km, ao sul de Itanhaém.

Mais é evidente que o navegador ao estabelecer essa povoação, estava na realidade fundando toda esta região e principalmente à margem direita do Rio Itanhaém do mar olha para a terra, porque a exuberante foz do rio os morros de que de um lado e de outro do rio existem acomodando pequenas e belas praias em forma de baía, costões de pedras se antepondo ao mar, Área a frente do morro Itaguassú onde hoje situa-se o Convento, formam razões mais que óbvias sob todos os enfoques, para o estabelecimento de vilas e aldeias.

Tanto é verdade que alguns anos depois, mesmo com a chegada dos jesuítas junto aos índios e colonos e a construção da Igreja e Colégio dos Padres Jesuítas, depois chamado Colégio de São Batista paralelamente formava-se aqui onde hoje é o centro de Itanhaém a aldeia de Nossa Senhora da Conceição, uma paliçada de torras ao redor das casas com três saídas para rio e a Ermida, pequena Capela de Barro com a Cruz de fé cristã no Alto do Itaguassu, e aos poucos todos foram transferindo-se da Aldeia de São João Batista para este outro lado do Rio onde florescia a aldeia e feitoria agrícola de Nossa Senhora da Conceição.

A 13 de Janeiro de 1.561, Cristovam Gonçalves é designado Juiz Pedâneo aos 19 de Abril do mesmo ano Itanhaém já tem pelourinho e ganha foro de vila. E assim desenvolveu-se lentamente porque sempre foi uma Vila podre e esquecida até que em 1.624 vem conhecer período de grandeza quando obtém predicamento de Cabeça de Capitania passando a ter jurisdição sobre vasta extenSão de terras.

Ao final deste período foi elevada à município em 1.700 torna-se mais ainda um esteio de fé e esperança. Em 1.906 de Conceição de Itanhaém é elevada a categoria de Cidade. E atualmente a idade de Itanhaém foi elevada à categoria de Comarca e Estância Balneária do Estado de São Paulo.