Constituindo núcleo único, a cidade de Mafra tem sua história estreitamente vinculada á cidade de Rio Negro - Paraná. A região foi cortada do Sul ao Norte pelos destemidos tropeiros, ligando a capitania de São Pedro do Sul a São Paulo. O que existia na época, era uma vereda aberta na mata pelo próprio gado, acarretando grandes prejuízos, com perdas de homens e animais.Em 1732 o Bandeirante e Tropeiro Cristóvão Pereira de Abreu, oficializa a abertura da Estrada da Mata, passando com 3000 mil cabeças de gado, entre mulas, cavalos e bestas.

Em 1816, os tropeiros requereram a D. João VI à abertura de um caminho entre a Vila de Lages - SC e Lapa - Pr, trecho que até então era um sertão com toda espécie de perigos, totalizando 40 léguas.

Com o passar dos anos, D, João VI reconheceu que São Paulo ficaria prejudicado com o consumo incerto do que viesse desta região, em virtude das inúmeras dificuldades e mandou elaborar um plano para a abertura da referida estrada que recebeu várias denominações: Estrada Real, Estrada do Sertão e então "Estrada da Mata". Por ela se pretendia ligar a Província de São Paulo ao Rio Grande do Sul.

Levou muitos anos para ser construída, sendo o primeiro trajeto elaborado, de Campo do Tenente à Lapa.

Com o surgimento da Estrada da Mata, houve a chegada dos primeiros imigrantes europeus, vindos da cidade de Trier, Alemanha em 1829, dando inicio ao processo de colonização.

Onde hoje situa Mafra - SC passou a ser um simples bairro de Rio Negro - Pr, um potreiro oficial das tropas, fora do perímetro urbano, eis a origem dos dois municípios estarem ligados.O Monge João Maria, eremita, chegou a Mafra - até o momento pertencente ao Município de Rio Negro, em 1851. Encontrou população sofrida com a Guerra dos Farrapos e dizimada por uma epidemia de varíola. Recomendou que 19 cruzes fossem erguidas entre a Capela Curada e a Balsa - Ponte Metálica. O constante movimento das Tropas trazidas do Sul para o Norte, foi derrubando essas cruzes e, a única que sobrou foi a da Praça Hercílio Luz, cuja fixação foi em 30 de Junho de 1851.Representa a fé do catolicismo rústico do homem simples da região.

Em 1870 criou-se o Município de Rio Negro e, os imigrantes alemães, poloneses, italianos, bucovinos, tchecos, ucranianos aceleraram o crescimento da região.

Em 1894, assumiu a Administração do Estado de Santa Catarina o Dr. Hercílio Luz que nomeou o Jurista Manoel da Silva Mafra, para advogar a causa das questões de limites entre os Estados do Paraná e Santa Catarina.

Manoel da Silva Mafra, filho do Major Marco Antônio da Silva, nascido em 12 de Outubro de 1831, deixou o Seminário do Rio de Janeiro, para cursar direito em São Paulo. Alternou-se em várias funções: Promotor Público em São José, Juiz Municipal, Deputado Geral de SC, Juiz de Direito em Pernambuco e Paraná, Deputado Provincial de Santa Catarina, Advogou no Rio de Janeiro, Juiz de Direito de Minas Gerais, Presidente da Província do Espírito Santo, Ministro da Justiça, Juiz do Tribunal Civil e Criminal do Rio de Janeiro. Aposentado voltou a advogar e defendeu a Questão de Limites de Santa Catarina e Paraná. Faleceu em 11 de março de 1907. Como escritor e ·jornalista, deixou peças jurídicas, discursos, ensaios, poesias. É nome de uma das cadeiras da Academia Catarinense de letras.

Em 1896, a questão de limites passa a ter um caráter judicial.

A região denominado "Contestado" abrangia cerca de 50.000 km entre os atuais estados de SC e PR, disputada por ambos. As cidades desta região foram palco de um dos mais importantes movimentos sociais do país.

Nesta época os meios de transporte utilizados eram mulas e a passagem do rio entre as margens esquerda e direita, era através de balsas. Em 22 de novembro de 1896, no Governo de Francisco Xavier da Silva, inaugurou-se a Ponte Metálica - com 110 metros ao custo de R$ 270 contos de réis. Atingia exatamente a metragem na baixa do rio, da margem esquerda á direita.Muitas histórias existem em torno da inexplicável metragem da Ponte Metálica.

Em 1912 iniciou-se a construção da estrada de ferro, ligando Mafra a Porto União. A Estação de Mafra surgiu como entroncamento da linha do São Francisco com o ramal do Rio Negro, em 1913.

Após 18 anos de lutas incansáveis, o Presidente da República, Wenceslau Braz, promoveu o encontro entre os Governadores de SC e Pr, Dr. Carlos Cavalcante e Felipe Schimith, a fim de solucionar a pendência. Em 1917 os dois Estados reconheceram e homologaram as Linhas de Acordo. Em 25 de Agosto de 1917, a lei catarinense nº. 1.147 restaurou o município que lhe fora suprimido em virtude do acordo de limites de 20 de outubro de 1916 e, demarcaram os novos limites.

Em 08 de Setembro de 1917 foi instalado o Município, á margem esquerda do Rio Negro, que passou a dominar-se Mafra em honra e memória do Dr. Manoel da Silva Mafra, defensor de Santa Catarina na pendência.

A região onde se desenvolveu a comunidade de Mafra é altamente rica em reservas florestais, principalmente de pinheiro-araucária, erva-mate e outras espécies, que passou a representar por muitos anos sua principal atividade, da extração florestal, que permitiu o assentamento dos primeiros colonos, que mais tarde passariam a desenvolver as atividades da agropecuária de subsistência.

Mafra é considerada cidade pólo do Planalto Norte Catarinense.

Colonizada por diversos povos destacamos: Alemães, Poloneses, Ucranianos, Bucovinos, Italianos.