A cidade de Cruzeiro nasceu no pátio da fazenda Boa Vista, cujas terras pertenceram a Manoel Moraes Pinto que, em 1778, as vendeu ao Tenente Coronel Henrique Dias de Vasconcelos. Falecendo este último, sua esposa e herdeiros, trocaram-na com Joaquim do Nascimento, que em segundas núpcias casou-se com o Capitão Antonio Dias Telles de Castro que comprou de outro herdeiro, Ferreira da Silva as terras restantes até o Riacho de Lavrinhas. Viúva mais uma vez consorciou-se Dona Fortunata com Manoel Freitas Novaes; a Fazenda Boa Vista erguia-se às margens do Rio Paraíba. Diz a tradição que por influência política do Major Novaes foi modificado o traçado da Estrada de Ferro de modo a passar pela Fazenda, que com a estação criada, originou a cidade de Cruzeiro.

Entre 1781 e 1787 foi construída a Igreja de Nossa Senhora da Conceição do Embaú. Embaú foi a Vila "mater" da cidade de Cruzeiro. Embaú pode significar: bica, garganta, beber ao extremo ou a derradeira aguada. Por meio do Embaú se despejava o Comércio das Gerais, através do caminho dos Guaiases que passando por Guaratinguetá e Cunha chegava a Parati. Este Comércio impulsionou o Embaú que elevou-se à categoria de freguesia em 19 de fevereiro de 1846 e à Vila em 06 de março de 1871. A Vila recebeu o nome de Nossa Senhora da Conceição de Cruzeiro, que refere-se ao marco divisório em forma de cruz construído no alto a Serra entre Minas Gerais e São Paulo. Em 03 de julho de 1891, a localidade foi elevada a Município com o nome de Vila Novaes, passando a chamar-se Cruzeiro em 02 de outubro de 1901.

Em 12 de abril de 1890, através da Revolução 44, Prudente de Moraes declarou de utilidade pública e mandou desapropriar terrenos na Estação de Cruzeiro, abrangendo uma Área de 36 hectares a 56 hectares.

Em 15 de abril de 1878, pelo Decreto n° 143 de 30 de março de 1891, o Governador Américo Brasiliense, tornou Cruzeiro Vila, com a denominação de Vila Novaes (município). Deposto o Governador por golpe de Estado, seu sucessor Dr. José Alves Cerqueira César, anulou os decretos de seu antecessor.

Pelo aviso n° 2007, de 31 de outubro, a Câmara foi autorizada a dar aforamento aos terrenos desapropriados da Estação de Cruzeiro. Pela Lei 789 de 2 de outubro de 1901 foi transferida a sede do Município do Distrito do Embaú para a sede do distrito da Estação de Cruzeiro, instalando-se a Câmara Municipal na sua nova sede em 30 de novembro de 1901. A Comarca de Cruzeiro foi criada em 19 de maio de 1934 pelo Decreto n° 6477 e instalada em 12 de outubro de 1934.