Em meados do século XVII alguns homens provenientes de Taubaté e São Paulo desceram o Rio Paraitinga, detendo-se no local onde este rio encontra o Rio Paraibuna; embrenharam-se na mata parando numa clareira 2 Km adiante. No local fixaram-se, construindo uma cabana e em homenagem ao Santo do dia fizeram uma capela. Era o dia 13 de Junho, dia de Santo Antônio.

Em pouco tempo surgiu junto a capela algumas cabanas, pequenas roças e as pessoas foram chegando, dando início a uma povoação já denominada Santo Antônio da Barra de Paraibuna. Assim ficou dezenas de anos, com poucas pessoas e sendo um ponto de pouso para os passantes que iam e vinham do Litoral Norte, com destino a província de São Paulo.

Somente em 03 de Junho de 1773, o Capitão Geral de São Paulo, D. Luiz Antônio de Souza resolveu, através de uma ordem, determinar que Manoel Antônio de Carvalho fosse para o lugar e assumisse a administração e a direção da povoação. O mesmo documento determina ainda que os "foros, vadios e vagabundos, sem domicílios certos e sem utilidade para a República fossem habitar as ditas terras de Paraibuna".

A notícia de que os vadios e vagabundos seriam obrigados a se dirigirem para a vila, causou alarme entre os moradores que conseguiram, em 1775, a revogação da tal ordem com a conseqüente concesSão da Carta de Sesmaria. Esta carta, pode ser considerada o marco fundador da vila, pois tornava proprietários de terras, onde se ergue a cidade de Paraibuna, os senhores: João Simões Tavares, Manuel Garcia Rosa, Manuel Motta e José Pereira. Os quatro sócios receberam "uma légua de terras em quadra" com o direito de fazerem delas o que bem entenderem, respeitando a Lei Foral Sesmaria.

Mas somente em 1812, no dia 07 de Dezembro, o Príncipe Regente cria pôr alvará a freguesia de Santo Antônio de Paraibuna, com a construção de uma capela e nomeação de um pároco. A primeira missa foi então celebrada em 13 de Junho de 1815, pelo vigário Padre Modesto Antônio Coelho Neto. Em 10 de Julho de 1832 a freguesia passa à condição de Vila, e, em 1833 é realizada a primeira eleição para a Câmara Municipal.
Devido a fatos políticos em que pessoas de Paraibuna, apoiaram a revolução de 1842, exigindo a república, somente em 30 de Abril de 1857, através da Lei n.º 595, o governador elevou Paraibuna a categoria de cidade. Em 30 de Março de 1858, através da Lei n.º 16, foi elevada a Comarca.

O município de Paraibuna, sofreu forte influência do ciclo do café no Vale do Paraíba (1830-1870) tendo uma expanSão da Área rural, construindo grandes fazendas cafeeiras e casas suntuosas no centro da cidade. Para se ter uma idéia, em 1835, a Vila de Paraibuna já registrava cerca de 34 fazendas de cultivo do café e 87 sítios de culturas diversas.

Com o declínio da cultura cafeeira, em 1860 foi introduzido o algodão em muitas fazendas de café como ponto de equilíbrio às dificuldades que estas fazendas passavam. Assim, com o declínio do café morreram algumas vilas e povoados, e outras cidades adormeceram no tempo.