Supõe-se que o aldeamento dos índios Guaianazes - fundado pelo Padre José de Anchieta no local onde hoje se situa São José dos Campos - tenha sido iniciado mais ou menos ao mesmo tempo que a Capitania de São Vicente. Quando a lei de 10 de Setembro de 1611 que regulamentava aldeamentos indígenas nos pontos que melhor conviessem aos interesses do Reino, foi posta em vigor, os índios deslocaram-se para o interior (para os sertões). Entre os antigos aldeamentos, distantes de Piratininga e que vieram a merecer a atenção dos jesuítas, figurava, para as bandas de leste, o aldeamento de São José localizado no Bairro do Rio Comprido, a 10 km de onde hoje se situa a cidade. Então, os padres trazendo mais alguns silvícolas, conseguiram entrar em entendimentos com os índios e dar certa vida ao aldeamento mas, devido às desvantagens da localização deste, resolveram buscar um ponto melhor.

De 1643 a 1660, os religiosos obtiveram para os índios diversas léguas de terras, concedidas por João Luís Mafra, cavalheiro fidalgo de Sua Majestade. Essas terras situavam-se em magnífica planície, onde hoje se acha São José dos Campos. E a aldeia progredia mais e mais, passando a ser denominada "Vila Nova de São José". Em 1650, foram concedidas algumas sesmarias a Francisco João Leme, Antonio Siqueira Afonso e sua mulher Antonia Pedrosa de Morais, Siqueira Afonso permaneceu nas imediações do aldeamento e João Leme abriu fazenda no Bairro do Jardim.

Sabe-se ainda que a organização urbana no plano teórico e prático da aldeia, é obra atribuída ao padre jesuíta Manoel de Leão, cuja principal ocupação era a de ser administrador, estando em São Paulo desde o ano de 1663, encontrava-se à frente das fazendas mais remotas. Entre estas, figurava-se o aldeamento em solo joseense. Após longos anos de lento progredir, foi descoberta uma taba no local conhecido por "Lavras". Em contato com esses outros selvagens, os índios da Vila Nova de São José trouxeram amostras de puríssimo ouro, e que naturalmente despertou a atenção para a Serra da Mantiqueira, nas proximidades do Rio do Peixe, nas imediações do Bairro das Lavras, um lugar alagadiço da atual Fazenda Montes Claros, hoje conhecido como "Tanque dos Índios".

Em 1769, os jesuítas foram expulsos; com isso, alguns brancos agregaram-se aos índios sob a direção de José de Araújo Coimbra, Capitão-Mor de Jacareí e deram impulso à povoação. Por ordem do Governador Geral, D. Luiz Antonio de Souza Botelho Mourão, a 27 de Julho de 1767, pelo Ouvidor e Corregedor Salvador Pereira da Silva, foi criada a vila com o nome de São José do Paraíba - sem ter sido freguesia. Este fato é absolutamente anormal para a época e determinou críticas ao procedimento do Governador.

A partir de 1871, o município passou por duas fases distintas: o desenvolvimento agrícola - com forte preponderância da cultura do café - e a criação da estância climática, conseqüência natural de seus bons ares.
A emancipação à categoria de Vila não foi um fator determinante para o seu progresso, que por muitos anos manteve as mesmas características de uma pequena vila com predominância do setor rural. A principal dificuldade de São José era o fato de a Estrada Real passar fora de seus domínios. Em meados do século XIX, a Vila de São José do Paraíba já demonstrava alguns sinais de crescimento econômico com o desenvolvimento da agricultura.

O algodão teve uma rápida evolução na região quando São José conseguiu algum destaque e cuja produção atinge seu apogeu em 1864. Nesse mesmo ano, a 22 de abril, a Vila é elevada à categoria de cidade. E, em 1871 recebe a atual denominação de São José dos Campos, seguida pela criação da Comarca em 1872. Quase simultaneamente, há o desenvolvimento da cultura cafeeira no Vale do Paraíba que começa a ter alguma expresSão a partir de 1870, já contando, inclusive com a participação de São José. No entanto, foi no ano de 1886, quando já contava com o apoio da Estrada de Ferro inaugurada em 1877, que a produção cafeeira joseense teve seu auge, mesmo num momento em que já acontecia a decadência dessa cultura na região, conseguindo ainda algum destaque até por volta de 1930.

A procura do município de São José dos Campos para o tratamento de tuberculose pulmonar, teria se tornado perceptível no início deste século, devido às condições climáticas supostamente favoráveis. Entretanto, somente em 1935, quando o município foi transformado em Estância Hidromineral, que São José passou a receber recursos oficiais que puderam ser aplicados na Área sanatorial. Com o advento dos antibióticos nos anos 40, a tuberculose começa a receber tratamento ambulatorial, caracterizando assim o fim da função sanatorial até então exercida por São José, num momento que já é crescente a vinda de estabelecimentos industriais para a cidade.

O processo de industrialização do município, toma impulso a partir da instalação do Centro Técnico de Aeronáutica-CTA, em 1950 e também com a inauguração da Rodovia Presidente Dutra, possibilitando assim uma ligação mais rápida entre Rio de Janeiro e São Paulo e cortando a parte urbana de São José dos Campos. A conjunção desses fatores permitiu que o município caminhasse para o potencial científico-tecnológico em que se encontra.