O Capitão Vieira da Cunha e João Sobrinho de Moraes alegaram pretender povoar a região dos sertões da Paraitinga e, por isso, receberam do Capitão de Taubaté, Felipe Carneiro de Alcaçouva e Souza as primeiras sesmarias concedidas a 5 de Março de 1688. Após muitos anos o sargento-mor Manoel Antonio de Carvalho, juiz das mediações e sesmarias da então Vila de Guaratinguetá, que havia explorado todo aquele sertão, apresentou ao Governador, capitão-general D. Luis Antonio de Souza Botelho Mourão, um requerimento em que vários povoadores lhe pediam para fundar junto ao Rio Paraitinga e entre Taubaté e Ubatuba, uma nova povoação.

A 2 de Maio de 1769 essa petição foi deferida, recebendo a povoação o nome de São Luiz e Santo Antonio do Paraitinga, sendo a padroeira Nossa Senhora dos Prazeres. No dia 8 de Maio de 1769 o sargento mor Manoel Antonio de Carvalho foi nomeado fundador e governador da nova povoação. Um incentivo do governador geral estimulou a mudança de mais gente para o local que foi elevado à Vila em janeiro de 1773 e instalada a 31 de março do mesmo ano.

A Vila teve rápido progresso de início, mas depois veio a estacionar na cultura dos cereais e só muito mais tarde se deu início à plantação de café e algodão. Por lei provincial, a 30 de Abril de 1875, foi elevada à categoria de cidade e por título de 11 de Junho de 1873 obteve a denominação de Imperial Cidade de São Luiz do Paraitinga.

Atualmente, o município de São Luís do Paraitinga conserva muitos costumes seculares, que desapareceram na grande maioria das cidades paulistas. Arquitetura típica do século passado - o maior acervo do estado de São Paulo - e muitas manifestações de cultura popular.

São Luís do Paraitinga é chamada por muitos de "Último Reduto de Caipiras" e se mostra extremamente preocupada com as tradições, com a manutenção de suas muitas festas e com seus prédios coloniais. Esses casarões não São cenários para que turistas rendam elogios à beleza das formas e sim templos herdados para a continuidade da História.