São Sebastião é a cidade mais antiga do Litoral Norte. Antes da colonização portuguesa, a região de São Sebastião era ocupada por índios Tupinambás ao norte e Tupiniquins ao sul, sendo a serra de Boiçucanga - 30 km ao sul de São Sebastião - uma divisa natural das terras das tribos. O município recebeu este nome em homenagem ao santo do dia em que passou ao largo da Ilha de São Sebastião - hoje Ilhabela a expedição de Américo Vespúcio: 20 de janeiro de 1502.

A ocupação portuguesa ocorre com o início da História do Brasil, após a diviSão do território em Capitanias Hereditárias. Diogo de Unhate, Diogo Dias, João de Abreu, Gonçalo Pedroso e Francisco de Escobar Ortiz foram os sesmeiros que iniciaram a povoação, desenvolvendo o local com agricultura e pesca. Nesta época a região contava com dezenas de engenhos de cana de açúcar, responsáveis por um maior desenvolvimento econômico e a caracterização como núcleo habitacional e político. Isto possibilitou a emancipação político-administrativa de São Sebastião em 16 de março de 1636.

Em 1639, foi elevada à categoria de Vila, tornando-se parte ativa do sistema colonial. O povoado da ilha só seria elevado à Vila em 1806, com o nome Vila Bela da Princesa. As primeiras ordens religiosas a se estabelecerem em São Sebastião foram: a Franciscana, que em 1650-59 fundou no bairro de São Francisco, o Convento de Nossa Senhora do Amparo, e a Carmelita, que pela época, se estabeleceu na fazenda do Guaecá. O desenvolvimento da região levou à ampliação do clero secular, formado principalmente, pelos filhos das mais importantes famílias da região. Ergueram-se então as capelas de São Gonçalo e nossa Senhora da Conceição de Boissucanga.

Em 1722, descobriu-se ouro em São Sebastião, mas por sua pequena quantidade. não teve importância para o desenvolvimento da ilha. Com o apogeu da extração de metais preciosos nas Minas Gerais, entre 1720 e 1780, São Sebastião conheceu um período de enriquecimento, em função do movimento do porto, que além de escoadouro legal do ouro vindo de Minas, tornou-se centro ativo de contrabando. O fornecimento de gêneros alimentícios necessários a População mineira deu grande impulso a agricultura.

Sua vida cultural era desvinculada de qualquer escolaridade oficial. A primeira escola publica para o ensino primário foi criada apenas em 1811. Até então, as primeiras letras eram ensinadas por padres e alguns professores particulares.

A ntes da chegada dos portugueses, toda a costa brasileira era habitada por índios da raça Tupi, que haviam expulsado para o interior as tribos inimigas. Nesta região os índios denominavam-se Tupinambás, que viviam nas terras ao norte; e Tupiniquins, que viviam nas terras ao sul de São Sebastião. A praia de Boiçucanga era a divisa natural das terras das tribos, divisa respeitada por ambas as tribos, apesar de não existirem muros ou cercas, esses índios eram incapazes de guerrear por questão de limite. Praticavam a antropofagia (comer o seu inimigo). Devido ao seu espírito destemido, se entrassem em guerra a honra consistia em prender e matar muitos inimigos, dos quais herdavam o nome. Esses índios mantinham guerra constante porque mais de um século antes os Tupiniquins haviam aprisionado um índio da tribo Tupinambá. Para se vingar da ofensa os Tupinambás aprisionaram e devoravam não se sabe quantos da tribo Tupiniquim, que entendeu que devia vingar-se novamente. Assim perdurou por muito tempo a luta entre as tribos.

As duas tribos eram compostas por índios que moravam em aldeias onde as ocas eram de madeira, cobertas de palha, sem nenhum repartimento. Dormiam em redes sendo em que cada oca, ficavam de 30 a 40 índios. Andavam nus, pintados e ornamentados. Na tribo Tupinambá, os homens usavam o lábio inferior perfurado por um anel com pedra verde ornando-se com dois molhos de penas. Os Tupiniquins não eram diferentes, usavam muita ornamentação. As ocas eram geralmente edificadas em grandes esplanadas nas vizinhanças de um rio, expostas aos ventos. Cercavam-nas às vezes, grandes paliçadas circulares, construídas com fortes troncos e resistentes achas de madeira. A paliçada servia como uma trincheira e, algumas tinham por fora um fosso cujo fundo era cheio de farpas agudas. Sobreviviam da caça e da pesca. Era na Mata Atlântica que encontravam alimentos necessários à sua sobrevivência: frutas, palmito, pequenos animais etc. Eram exímios canoeiros e pescadores. Muitas vezes se deslocavam para o interior viajando a pé pelas trilhas da Serra do Mar.

As lutas entre as duas tribos se intensificaram depois da vinda dos portugueses. Estes necessitando de mão-de-obra, iniciam o bandeirismo de apresamento, que consistia em capturar índios e vendê-los como escravos nos engenhos nordestinos. Os Tupiniquins se aliam aos portugueses para auxiliar na captura. Os índios Tupinambás, por serem vizinhos e inimigos dos Tupiniquins, São os que mais sofreram perseguição. A praia de Boiçucanga foi palco de inúmeras lutas entre as duas tribos. A partir de 1558 índios chefiados pela tribo Tupinambá, aliados a outras tribos, formam a Confederação dos Tamoios a fim de combater a escravidão a que estavam submetidos. Os Tupiniquins fogem perseguidos pelos Tupinambás. Estes também se afastaram seguindo os franceses rumo ao Maranhão. Atualmente existem agrupamentos indígenas em Boracéia e Barra do Una. São índios da tribo Guarani que viviam no interior do Brasil e vieram para o litoral bem mais tarde.