Águas de Lindóia tem início histórico nos idos de 1728, quando precisamente em 9 de agosto deste ano, o Sr. Manuel de Castro, morador da praça de Santos, recebeu do governador e capitão general da Capitania de São Paulo e Minas a carta doando-lhe essas terras do Ribeirão de Águas Quentes, em forma de sesmaria. Já nesta época, pratica-se incipiente termalismo nas águas quentes desta terra, através dos bandeirantes e tropeiros que saindo de Bragança Paulista dirigiam-se para o planalto goiano. Descansavam e cuidavam de seus ferimentos, levando a fama desta águas para outras regiões brasileiras.

Bem mais tarde, um clérico de Amparo, Padre Bueno, tendo curado suas moléstias nestas águas do Ribeirão de Águas Quentes, resolveu adquirir estas terras. Com sua morte, seus herdeiros colaterais, leigos em assunto de medicina, abandonaram as terras.

A partir de 1850, quando o café dominava grande parte de nossas exportações, terras hoje pertencentes a Amparo, Serra Negra, Socorro e também Águas de Lindóia, foram retalhados em fazendas de café. Inúmeras famílias imigrantes européias, principalmente, italianas, vieram trabalhar como colonos nestas Áreas.
Até hoje, seus descendentes fazem parte da População lindoense. A vocação destas terras de águas quentes, contudo, não seria a agricultura do café. A beleza de seu relevo, seu clima temperado e seco, suas águas miraculosas vão falar mais alto na voz e comando do grande timoneiro, Dr. Francisco Tozzi, também de família imigrante.

A família Tozzi, vinda da Itália, para Serra Negra, por volta do início do século XX, encontra na figura do médico Francisco Tozzi o iniciador de novos destinos, não só de sua família, como de uma nova cidade.

Aconselhado por seu tio, padre Henrique Tozzi, também curado de alguns problemas de pele, como padre Pedro Bueno, vem para as terras das águas quentes verifica os seus grandes prodígios, Impressionado com as curas resolveu adquirir estas terras, o que aconteceu por ocasião do leiloamento daquela Área, iniciando assim o seu marco como cidade.

Em 1916, constrói seu pequeno consultório de pau-a-pique, atendendo aos doentes do local e receitando águas da Fonte São Roque para males internos e externos. Paulatinamente, vai construindo hotéis, piscinas, balneários, igrejas, casas para operários, pomar etc. Recebe visitas importantes como da Madame Curie, em 1928, que analisa estas águas e contata sua propriedades terapêuticas.

Após sua morte, aos 68 anos, em 1937, a cidade recebe um grande choque, porém seu destino continua com outras liderança e logo, em 1938, a cidade se emancipa administrativa e politicamente.

Em 1941, o embaixador Macedo Soares, então governador do Estado, conhecendo a projeção adquirida pelas então Termas de Lindóia, pelo ser afluxo cada vez maior de doentes e turistas, resolveu desapropriar as fontes e Áreas de terra que a circundava.

Surgia, então, o plano urbanístico: ruas foram abertas e asfaltadas, jardins foram feitos, iniciando-se, em 1954, a construção do novo balneário, terminado em 1959.
Em 1950, foi declarada de utilidade pública uma Área para construção de um parque, atualmente Praça Dr. Adhemar de Barros, e em 1963, iniciaram-se obras com plano do paisagista Burle Marx.

Lindóia, segundo os estudiosos é corruptela do Tupi Rindoya e significa: água insípida e quente ao paladar.