Os primeiros alicerces da colonização desta região, remontam aos princípios do século XVII. Quando era extraordinária a quantidade de colonizadores pretendendo terra na zona cortada pelo caminho que ligava o litoral às minas de Goiás. Requeridas as Sesmarias, localizada à margem da estrada referida, eram logo concedidas e assim, penetravam léguas e léguas pelo sertão adentro. A primazia de posse legal de terrenos no território, que agora constituem as Estâncias de Lindóia e Águas de Lindóia, coube a Manoel de Castro, portador da concesSão de uma Sesmaria datada de 09 de agosto de 1728, no ribeirão de Água Quente. A estrada para as minas de Goiás atravessava aquela zona seguindo pelo espigão do Morro Pelado, rumo a Mogi Mirim. Esta doação aparece à página do livro nº 3 de “SESMARIAS ANTIGAS”, arquivado na repartição de estatística do Estado e está assim concedida: “Antônio da Silva Caldeira Pimentel do Conselho de sua majestade governador e capitão general da capitania de São Paulo, minas do Paranapanema do Cuiabá e Guayanazes, etc. Faça saber aos que esta minha carta de sesmaria virem que tenho consideração ao que por sua petição me enviou a dizer Manoel de Castro, morador nesta praça de Santos, que ele se achava com alguns escravos, e com eles queria fazer suas lavouras, e roças em caminho do sertão das novas minas dos Guayanazes em a paragem do ribeirão chamado água Quente, adiante do rio Cezar indo povoado, cujas terras por ser desertas se achavam em direito senhorio, por quanto de sua cultura se seguia grande utilidade para melhor estabelecimento daquelas minas e pelo acréscimo dos dízimos, pedindo-me- lhe fizesse mercê conceder em nome de sua Majestade uma légua de terra em quadra na referida paragem do ribeirão de Água Quente indo para as ditas Minas de uma e outra parte do dito ribeirão, ficando-lhe este em meio fazendo pião onde for sua passagem”. A 28 do mesmo mês e ano foi feita outra doação, ligava à que mencionamos acima, sendo outorgada ao Sargento Mor Manoel Gonçalves Aguiar, também residente na cidade de Santos. As primeiras construções, anteriores às de Manoel de Castro, foram feitas pelos Bandeirantes, para servirem de pouso nas suas caminhadas rumo às novas minas do Sertão Guayanazes. A tradição afirma que a região naqueles tempos, constituía território de ferocíssima tribo indígena. Vestígios desta civilização indígena, estão sendo encontrados, através de escavações como provam diversos instrumentos feitos em pedra de posse de moradores.

O próprio nome da região, depois tomado pelo município, foi dado pelos índios e seu significado, segundo o Dr. Joaquim da Silva Mello é o seguinte: “Lindóia é corruptela das Palavras tupy Rindoya e Rindheio. No alfabeto tupy não existia a letra” L “e o” R “, o mesmo no começo das palavras tem som brando. A substituição” L“deve ser de influência lusitana. Lindoya ou Rindoya significa “rio que não extravasa” De “Ri” (água, ribeirão, rio) “ND” (sem significado) é uma intercalação, por nasal o som “hi” e “y” por anteceder um verbo neutro “. Oia “(3ª pessoa do indicativo do verbo ya”, caber não sair de sua capacidade, conter “. Literalmente: Rindoya”, rio que não sai de sua capacidade ou que se contém “: Lindóia ou Rindheio significa” água insípida e quente ao paladar “DE” RI “(Água)” ND “(insípida)”, HIO “(sensação de quentura na boca).

As duas interpretações São deveras interessantes e não se pode afirmar qual das duas é mais acertada.Permaneceu estacionária por muitos anos a região, até 1820, quando alguns imigrantes portugueses e espanhóis, oriundos de Atibaia – Bairro da Guardinha, se desentenderam com o Governador da Capitania de São Paulo, e fugiram, se fixando às margens do Cezar. Segundo a História contada pelos antigos, estas famílias eram: Franco, Godoy, Alves, Souza, Almeida e Domingues.

No decorrer de século XIX, em gleba doada pelo Coronel Estevam Franco de Godoy, considerando fundador da Estância, foi erguida uma capela em homenagem a Nossa Senhora das Brotas, título dado à Virgem Maria pela abundância, na região, de nascentes d’água chamadas “brotas”. No início o pequeno povoado recebeu o nome de Brotas do Rio do Peixe, conforme documentos datados de 1869 e 1870. Com a construção da ramal férreo da Companhia Mogiana, de Serra Negra, em 1890, a região adquiriu um canal para escoamento de sua produção agrícola. Em 1895 foi criado o distrito policial de Lindóia, subordinado ao de Serra Negra. No dia 10 de Março de 1898 a Cúria Metropolitana de São Paulo instalava a Paróquia de Nossa Senhora das Brotas do Rio do Peixe.

Em 29 de julho de 1899, foi criado no município de Serra Negra o Distrito de Paz de Lindóia com a mesma divisa da Paróquia. O Decreto nº 9.731 de 16 de novembro de 1938 eleva o Distrito de Lindóia a categoria de Município e Estância Hidromineral, ao passo que o Bairro das Águas Quentes, hoje município de Águas de Lindóia, passou a ser Distrito do novo Município, sob a designação de Thermas de Lindóia. A partir daí o Distrito de Thermas de Lindóia intensificou o seu desenvolvimento e os políticos lindoianos da época, permitiram que a sede do Município fosse transferida de Lindóia para o núcleo das Thermas, já com o nome de Águas de Lindóia. Deste modo, em 1953, Lindóia voltou a ser Distrito, desta vez de Águas de Lindóia,. Inconformadas, as lideranças políticas locais iniciaram um movimento de emancipação que veio a ocorrer somente depois de dez anos, pelo Decreto nº 8.050, de 31 de Dezembro de 1963.

Em 21 de Março de 1965 foi novamente instalado o Município de Lindóia, para grande júbilo de seu povo.