A região de Jundiaí, até início do século XVII, era habitada exclusivamente por povos indígenas, sendo que alguns grupos viviam em clãs familiares, caracterizando-se pelo nomadismo, e outros eram sedentários, de origem tupi-guarani, que se dedicavam à produção de milho e mandioca.

Eram povos guerreiros, bons caçadores e pescadores, organizavam-se em aldeias compostas por cabanas circulares feitas de tronco e cobertas de palha. Em cada uma delas, moravam várias famílias aparentadas entre si. Parte da cultura indígena foi incorporada pelos brancos colonizadores, entre elas a técnica construtiva e a utilização de queimadas na lavoura.

Século XVII

Os primeiros colonizadores brancos chegaram à região em 1.615, seguindo o processo de interiorização. Apesar das controvérsias dos historiadores, a verSão mais aceita sobre a Fundação do município remete à vinda de Rafael de Oliveira e Petronilha Rodrigues Antunes que, por motivações políticas, fugiram de São Paulo e refugiaram-se nos arredores, fundando a Freguesia de Nossa Senhora do Desterro, que foi elevada à categoria de Vila em 14 de Dezembro de 1.655. Os novos colonizadores afugentaram os grupos indígenas, que se embrenharam na mata. A origem de Jundiaí está ligada diretamente ao movimento bandeirante, principal responsável pela ocupação da antiga Capitania de São Vicente.

Século XVIII

Ao longo dos séculos XVII, XVIII e início do XIX, a economia da cidade se limitou a pequenas lavouras de subsistência, que abasteciam moradores da vila, tropeiros e bandeirantes. Na época, a região era formada por várias sesmarias pertencentes à Capitania de São Vicente, conhecida como “Portão do Sertão”, início do caminho de muitas entradas e bandeiras. Durante longo período, a escravidão indígena foi a base da mão-de-obra local, embora essa prática fosse proibida por lei.

A cidade possuía, naquela época, quatro ruas centrais, paralelas, chamadas então de Rua Direita (atualmente Barão de Jundiaí), Rua do Meio (Rua do Rosário), Rua Nova (Senador Fonseca) e Rua Boa Vista (Zacarias de Góes). As melhores casas eram de taipa e terra, enquanto os moradores mais humildes usavam o pau a pique, cobertas por sapé. A insurgente localidade possuía a Capela de Nossa Senhora do Rosário (hoje no local está o Gabinete de Leitura Rui Barbosa), o Hospício dos Beneditos e o Mosteiro de São Bento, um dos poucos monumentos sobreviventes. Naquela época, o abastecimento de água era feito rudimentarmente por meio de bicas públicas e a iluminação provinha de candeeiros de querosone, que eram suspensos nas paredes, acesos no final da tarde e apagados ao raiar do sol.

Um dos pontos comerciais mais movimentados, então, era o Largo do Rocio, que deu lugar atualmente à Praça da Bandeira. Dentre as atividades agrícolas, a cana-de-açúcar era o destaque, mas a produção era utilizada para a fabricação de aguardente.

Em meados do século XVIII o número de escravos indígenas e de escravos de origem africana já era praticamente o mesmo, mas a partir da segunda metade deste século, a quantidade de africanos se intensificou, até que a mão-de-obra indígena foi totalmente abandonada. À medida que o número de africanos aumentava, também cresciam os focos de resistência, entretanto, há poucos registros históricos sobre a vida destes trabalhadores. Em 28 de Março de 1.865 Jundiaí foi elevada à categoria de cidade.

Século XIX

A partir da segunda metade do século XIX a produção cafeeira ganhou força para o oeste e isso promoveu o crescimento da cidade, e junto com o café vieram a ferrovia e as indústrias. A Ferrovia Santos-Jundiaí foi inaugurada em 1.867, época em que se observava a crise do escravismo e a conseqüente alta do preço do escravo. Neste contexto, os grandes produtores rurais passaram a buscar novos trabalhadores e teve início o amplo processo de imigração, com a participação direta do Governo Federal. Os primeiros foram os italianos, que se instalaram preferencialmente na região da Colônia, no Núcleo Barão de Jundiaí, implementado pelo então presidente da Província de São Paulo, Dr. Antônio de Queiroz Telles (Conde de Parnaíba), filho do Barão de Jundiaí. Depois, outros europeus foram instalados no Comércio e na lavoura e alguns passaram rapidamente de colonos a proprietários, incrementando a atividade agrícola. A imigração estimulou o crescimento comercial e industrial e, ainda, do segmento de serviços e infra-estrutura urbana.

Enquanto isso, Jundiaí ia se destacando como uma cidade estratégica no setor ferroviário, com a instalação da Ferrovia Santos-Jundiaí (em 1.867), a Cia. Paulista de Estradas de Ferro (em 1.872), da Cia. Ituana (em 1.873), da Cia. Itatibense (em 1.890) e a Cia. Bragantina (em 1.891).

Século XX

De acordo com censo realizado pelo Governo Federal, em 1.920 Jundiaí possuía uma População de 44.437 habitantes. O abastecimento de água foi implantado em 1.881, a energia elétrica chegou em 1.905 e o telefone em 1.916. Os imigrantes de origem oriental, principalmente os japoneses, chegaram na cidade nas décadas de 20 e 30.

O processo de industrialização de Jundiaí acompanhou as vias de circulação, com isso, as indústrias se concentravam nas regiões próximas à ferrovia e às margens do Rio Guapeva, atendendo principalmente os segmentos têxtil e cerâmico. Nos anos 30 e 40, ocorreu novo impulso industrial e após a inauguração da Rodovia Anhanguera, em 1.948, mais empresas procuraram a cidade, aproveitando também a abertura da economia ao capital estrangeiro em 1.950. Foi nesta época que vieram para o município as indústrias metalúrgicas. Por tudo isso, pode-se dizer que Jundiaí nasceu com uma forte aptidão para o trabalho e o desenvolvimento.
O nome Jundiaí é um vocábulo de origem tupi e vem da palavra “jundiá”, que significa “bagre” e “y” significa “rio”. Alguns estudiosos também consideram o termo “yundiaí” como “alagadiços de muita folhagem e galhos secos”.