Em fins do século XVIII, o gado selvagem existente na capitania de São Pedro do Rio Grande transformara-se já em ótima fonte de renda. A exportação para São Paulo, Rio e Minas Gerais era bastante ativa. Surge, então, numerosas, as estâncias e charqueadas.

Coube ao cearense José Pinto Martins, em1780, fundar o primeiro desses estabelecimentos e o litoral do canal de São Gonçalo foi todo partilhado em nada menos do que sete estâncias.

Em 1812, tão povoada achava-se a região, que D. João VI houve bem erguer uma nova freguesia no lugar denominado Pelotas, desmembrando-se da freguesia de São Pedro dio Rio Grande. No ano seguinte, iniciou-se a construção da Capela dedicada a São Francisco de Paula, no local onde se situa a cidade.

Não tardou que para ali se transferissem os moradores das margens do arroio Pelotas e do Laranjal.

A grande expansão das charqueadas fez com que Pelotas fosse considerada a verdadeira capital econômica da província, vindo a se envolver em todas as grandes causas cívicas. O nome origina-se de "pelota", uma embarcação de couro puxada a pé dentro do rio, por homens, para atravessar a carga de charque de um lado ao outro do rio.