Berço nativo dos índios Carijós, o marco inicial do povoado foi a construção da Capela de São João Batista, em 1.759 no local denominado Itapocoroy (derivado do guarani "Itapocorá", cujo sentido define como sendo "parecido com um muro de pedra").

A região de Penha foi colonizada a partir do século XVIII com a invaSão pelos espanhóis da Ilha de Santa Catarina (Florianópolis), por pescadores portugueses - na maioria açorianos - fugindo dos invasores e que procuravam novos locais para a caça e beneficiamento de baleias. A Armação do Itapocoroy tornou-se então sede, na época, de uma das maiores armações baleeiras do sul do Brasil.

A comunidade de Itapocoroy, por ter "status" de armação baleeira e sendo, portanto, um empreendimento particular, não pode ser elevada à freguesia durante o período em funcionamento como empreendimento empresarial.

Uma nova comunidade, criada a seis quilômetros da Armação por moradores deslocados de núcleos de Itapocoroy, teve progresso suficiente para ser elevada à categoria de freguesia em 23 de março de 1839, com o nome de Freguesia de Nossa Senhora da Penha do Itapocoróy. No século XIX a caça da baleia entrou em crise e foi substituída pela pesca artesanal e Comércio rudimentar como subsistência.

Penha assume em definitivo a liderança como a sede da comunidade. No dia 21 de junho de 1958 foi elevada à categoria de município, efetivamente instalado em 19 de Julho do mesmo ano.