Em 1504, o navegador francês Binot Palmier de Gonneville aportou na região, marcando o início da primeira povoação catarinense e a terceira mais antiga do país.
O veleiro L’Espoir, comandado por Binot de Gonneville, lançou âncoras nas águas tranqüilas da Baía da Babitonga, em 5 de janeiro de 1504.

Tinha partido do porto de Honfleur, na França, levado pela mesma saga que trouxe iNúmeros outros aventureiros para este lado do Atlântico, a busca das “riquezas das Índias”. Com os mastros e o casco avariados por fortes tempestades, busca abrigo para efetuar os reparos necessários.

Aqui, os marinheiros franceses não apenas São bem recebidos pelos índios carijós, chefiados pelo cacique Arosca, como também encontram madeira de lei nos
matos próximos, além de água potável e víveres para o reabastecimento.

Permanecem no lugar até 3 de julho de 1504, quando retornam para a França. No cume do mais alto morro deixam uma cruz de madeira, marcando sua passagem por estas terras. Ao partirem, levam junto o índio Içá-Mirim, filho do cacique Arosca, com a promessa de devolvê-lo após 20 luas, depois de ensinar-lhe a arte da artilharia.

O índio nunca mais retornou à sua terra natal, e acabou casando com uma sobrinha de Binot de Gonneville. A vinda de Manoel Lourenço de Andrade, em 1658, marcou o efetivo povoamento da região. Ele chegou acompanhado de toda sua família, de numerosos escravos, e trazendo animais e equipamentos necessários ao desenvolvimento da agricultura e pastoreio do gado.

Em 1660 a povoação foi elevada à categoria de Vila e em 1665 tornou-se oficialmente Paróquia. Nas décadas seguintes, a região foi fortemente influenciada pela iniciativa de outros empreendedores, com destaque para Gabriel de Lara, Domingos Francisco Francisques e Rafael Pires Pardinho.

Hoje, a herança cultural da aventura desses pioneiros pode ser conferida nas festas
típicas, nos costumes, na culinária, e, principalmente, na arquitetura... Numa volta pelo centro da cidade, é possível admirar casarões, igrejas e monumentos – bem conservados ou restaurados – que preservam a memória dos tempos antigos.
Origem dos Nomes

Ao tempo do descobrimento, os índios carijós davam à ilha o nome de Babitonga, cuja tradução significa “terra em forma de morcego”. Hoje, esta denominação identifica a grande baía de águas calmas que avança para Oeste, até o Rio Cachoeira, em Joinville.

Já o atual nome da cidade deve-se ao navegador espanhol Juan Dias de Sólis, que passou pela região em 3 de janeiro de 1515, dia de São Francisco Xavier. Em 1660, quando elevada à condição de Vila, passou a chamar-se Vila de Nossa Senhora da Graça do São Francisco. Na década de 1940, tornou-se conhecida como “São Francisco do Sul” sem que existam registros históricos para explicar o acréscimo.