O município foi colonizado por portugueses em 1545, sendo o primeiro do solo paranaense. Em 1638 - 1646 Gabriel de Lara, o fundador da Capitania de Paranaguá, descobriu uma rica lavra de ouro nas encostas da Serra Negra. Revelado o achado, vieram os mineiros e os aventureiros para explorar os rios socavando o ouro de lavagem em diversos locais.

Em seguida chegaram os jesuítas, que fundaram em Superagüi o primitivo núcleo populacional da região. Foi só no século passado, quando Cipriano Custódio de Araújo e José Fernandes Correia construíram uma capela no morro do Quitumbê, que foram surgindo em torno dela as primeiras edificações, formando em pouco tempo o povoado, que foi elevado em 1854 à Freguesia.

Sendo em 1880 à Município e em 1938 anexado novamente a Paranaguá como simples distrito. Em 1947 sua autonomia foi restaurada e o Município novamente instalado.

Em tupi-guarani, Guaraqueçaba significa lugar de muito guará, uma ave semelhante a uma garça de cor avermelhada, que era abundante na região.