Criada por Alvará de Dom Pedro I, que a tornou Freguesia, em 15 de setembro de 1823. Em 24 de abril de 1875 é elevada à categoria de Vila, pela Lei Provincial 423. Em 16 de abril de 1886 foi criada a Comarca. Foi elevada à categoria de Município em 21.05.1892. No dia 05 de maio de 1908 a sede é elevada à categoria de Cidade.
Seus fundadores foram o Coronel Luciano Carneiro Lobo e sua mulher Isabel Branco e Silva, proprietários da Fazenda Jaguariaíva, localizada onde hoje está o Santuário do Senhor Bom Jesus da Pedra Fria e a Praça Dona Isabel Branco.

A cidade de Jaguariaíva teve sua origem e importância inicial ao fato de aqui localizar-se um dos pontos de pouso dos tropeiros, que nas longas travessias do sertão, pernoitavam e descansavam no local em que faziam a travessia do "Rio Tyaguariahiba", conhecido até hoje como "Porto Velho", marco histórico da fundação da cidade.

O topônimo Jaguariaíva significa "Rio da onça brava" ou "Rio do cão bravo" (Jaguar = cão ou onça; i = rio; aiba = ruim, bravo).