Tudo começou em 1725, quando pescadores encontraram a imagem do Senhor Bom Jesus apoiada numa pedra às margens do Rio Tietê. Logo após ter sido encontrada, a imagem foi colocada num paiol de milho, local onde aconteceu o primeiro milagre.

O paiol pegou fogo e foi destruído, sendo que apenas o milho e a imagem - entalhada em madeira - não foram atingidos pelas chamas. Após o ocorrido, a imagem ganhou um altar doméstico onde permaneceu por pouco tempo, já que deveria ser levada para Santana de Parnaíba, pois Pirapora era apenas uma sesmaria pertencente ao distrito parnaibano.

No caminho aconteceu o segundo milagre. No quilômetro 47 da Estrada dos Romeiros, o carro de boi que levava a imagem parou e não queria continuar o percurso. Foi quando um surdo e mudo disse que a imagem deveria voltar para Pirapora, lugar onde o Senhor Bom Jesus queria ficar. Para tanto, em 1927 foi construída a primeira capela ao padroeiro da cidade.