Os primeiros habitantes de São Francisco de Paula foram os índios CAAGUARAS, que estendiam suas aldeias pelas Serras Geral e do Mar. Faziam parte da tribo dos Coroados. Usavam pelegos para se aquecer no rigoroso inverno serrano. Caçavam, pescavam e comiam frutos e sementes. Moravam em cavernas cavadas ou naturais. Eram pacíficos e respeitavam a natureza.

É importante frisar alguns dados que em todos os documentos publicados deixaram de constar:

1 - O nome exato é CAAGUARAS, só, pois CAÁGUA- designava a região onde moravam os caaguaras que compreendiam os campos de cima da serra (uma parte de Bom Jesus, Cambará do Sul, Jaquirana (onde temos alguns fósseis)e grande parte de São Chico.

2 - Os caaguaras não falavam, comunicavam-se entre si através de grunhidos e gritos, eram muito pacíficos.

3 - Eram conhecidos também por COROADOS, porque revestiam a parte de suas cabeças com uma mistura de cera e mel silvestre.

4 - Eram os últimos remanescentes dos sambaquis da América do Sul (Pré-História).

5 - Foram dizimados pelos bandeirantes e pelos Caiangangues, habitantes das matas da região de Caxias do Sul, muito ferozes, tribo esta que matou o Jesuíta D. Cristóbal de Mendoza, no local da Água Azul, em Sta. Lúcia do Piaí, Caxias do Sul.

6 - Os CAAGUARAS que não foram mortos, foram levados pelos Jesuítas para as Missões e lá foram a extinção.

Com as incursões bandeirantes rumo ao Sul do Brasil, terminaram como presas fáceis dos paulistas de Sorocaba que fizeram destes índios mão-de-obra escrava.
Por volta de 1700, estavam praticamente dizimados pelos bandeirantes e por doenças.

No final do século XVIII, com a expanSão da mineração na zona das Gerais, paulistas, lagunistas e outros desceram para o Rio Grande do Sul, para buscar mulas para a zona mineradora, já que nosso Estado passou a ser o grande fornecedor de animais de tração, próprios para a atividade extrativa. Neste contexto, entra São Francisco de Paula, pois o caminho das tropas partia da altura de Palmares do Sul, atravessava o atual território de Santo Antônio da Patrulha, alcançava o planalto pelos Campos de Cima da Serra, indo na direção de Lages, avançando para Sorocaba. Foi com o transitar dos tropeiros por este caminho que teve início o processo de ocupação dos Campos de Cima da Serra, recebendo os primeiros sesmeiros.

O capitão Pedro da Silva Chaves, um português estabelecido em Itu (SP), foi um dos pioneiros. Assim escreve o historiador e professor Ruy Ruben Ruschel: ''Andei estudando um texto do antigo historiador Manuel Duarte e cheguei a interessantes conclusões. A atual Área urbana franciscana pertenceu, desde antes de 1742, ao famoso Francisco Pinto Bandeira, que a legalizou em 1752, com o nome de FAZENDA DA CRIA, topônimo que ainda se conserva nos arredores dessa cidade. Conforme constatei, pela análise de outro documento um roteiro de 1745, o dito fazendeiro desloco-se uns 10 km mais para leste, fixando-se nas cabeceiras do Arroio do Pinto, afluente superior esquerdo do Rio Santa Cruz. Do nome do célebre fazendeiro teria surgido a denominação do rio - Rio do Pinto.

É então que o capitão Pedro da Silva Chaves lhe compra a Área em que hoje está inserida a cidade. Mas onde estaria a sede dessa nova fazenda? Seria na mesma zona da '' Fazenda da Cria '' anterior? O certo é que o capitão Pedro da Silva Chaves já possuía outros campos a leste, vindo a adquirir, depois, também, a '' Fazenda do Cerrito'', ao Norte, e outras mais, tornando-se um dos latifundiários mais importantes da região. Ele ou seus herdeiros é que doaram à comunidade a Área que hoje contém o centro urbano''.

A cidade de São Francisco de Paula, portanto, teve seu início com Pedro da Silva Chaves, militar português, natural de Lisboa, casado com Gertudres de Godoy, descendente de ilustre família paulista, natural de Itu. Como se depara, ele teria doado uma porção de terra, juntamente com algumas vacas, para o patrimônio de uma capela que ele mesmo construira e que seu filho, o padre José da Silva Leal Lemos, viria a ser o primeiro capelão, ali rezando suas missas.

A esta igreja, Pedro, falecido em 1777, lhe dera o nome de São Francisco de Paula, por ser o santo de sua devoção. Em 1809, a Capitania do Rio Grande de São Pedro do Sul, hoje estado do Rio Grande do Sul, era dividida em quatro grandes municípios: Porto Alegre, Rio Grande, Rio Pardo e Santo Antônio da Patrulha.

Santo Antônio da Patrulha era constituída da Vila de Santo Antônio da Patrulha, que era a sede do Município das freguesias de Nossa Senhora da Conceição do Arroio ( hoje Osório) e Nossa Senhora da Oliveira da Vacaria ( hoje Vacaria ) e do povoado de Cima da Serra ( hoje São Francisco de Paula ).

De Santo Antônio da Patrulha, que foi nosso município mãe fizeram parte as freguesias de Nossa Senhora das Oliveiras da Vacaria e de Nossa Senhora da Conceição do Arroio e as Capelas de Santa Cristina do Pinhal, São Domingos das Torres e Povoados de Cima da Serra.

Assim, em 1835, São Francisco de Paula tinha a denominação de Capela, desconhecendo-se a data de elevação a essa categoria, sabendo-se, entretanto, que já existia uma igreja.

Pela Lei Provincial n.º 266, de 30 de novembro de 1852, a capela de Cima da Serra, foi elevada à categoria de FREGUESIA DE CIMA DA SERRA, cujo território continuou pertencendo a Santo Antônio da Patrulha.

Em 24 de maio de 1878, pela Lei n.º 1.152, passou à categoria de Vila, ficando assim, com a denominação de São FRANCISCO DE PAULA DE CIMA DA SERRA. Sua instalação verificou-se em 15 de outubro de 1878.

Pela Lei n.º 1.750, de 15 de março de 1889, foi extinto o Município de São Francisco, anexando-o ao de Taquara do Mundo Novo ( hoje Taquara ). Entretanto, a 06 de dezembro do mesmo ano, o Governo do Estado, por Ato n.º 26, revogou a referida lei.
Em 1º de setembro de 1892, face ao Ato n.º 302, o município de São Francisco de Paula era extinto e anexado ao vizinho município de Taquara do Mundo Novo, novamente.
Pelo Decreto n.º 563, de 23 de dezembro de 1902, foi restabelecido, definitivamente, o município de São FRANCISCO DE CIMA DA SERRA, sendo essa sua data de Criação.

''Que condições econômicas São Francisco de Paula tinha, na ocasião de sua emancipação?''

'' Por que ele se emancipara e, depois, torna a ser anexado a Taquara?''

Verifica-se que foi uma questão econômica. São Francisco, do ponto de vista econômico-financeiro, era bastante fraco, em função da própria atividade a que se dedicava. Havia muitas disputas políticas, o que, também contribuiu, de maneira secundária.

Nesta época, São Marcos decide se anexar a Caxias. A grande reclamação era de que São Francisco não atendia São Marcos. Não havia escolas, nem estradas, nenhuma infra-estrutura. Não por má vontade de São Francisco, porque este também não possuía. A primeira professora da região foi nomeada pela Câmera de Santo Antônio da Patrulha-Professora Maria Luísa.

São Francisco sempre teve, no século passado, muitos altos e baixos. De modo especial, os ASSISISTAS, os BORGISTAS e os MARAGATOS, na grande diviSão que tínhamos lá. Inclusive, se fala muito de refúgio da Guerra do Paraguai, da Guerra dos Farroupilhas. Escondiam-se nas invernadas de São Marcos e na região que vai até Vacaria. Em 1889, eles não tinham condições financeiras de levar o município adiante. Ficaram seis meses dependendo de Taquara.

Depois, acharam que tinham condições e retornaram, no fim do ano de 1889, à categoria de município.Agüentaram três anos, pedindo, novamente, socorro à Taquara. O município de São Francisco só conseguiu se organizar e estruturar, quando JONATHAS ABBOTT, vindo de Porto Alegre, foi nomeado para a função de intendente, em 1902. Daí para a frente o município começou a estruturar-se administrativamente.

Quando os próprios nativos de São Francisco estavam dirigindo os negócios, em função das divisões existentes, enfrentavam dificuldades devido às disputas políticas. Um segmento estando no poder, o outro, naturalmente, estava "armado" para destituí-lo do mesmo. A instalação administrativa do município verificou-se no dia 07 de janeiro de 1903.