Como muitas cidades do Sul de Minas, originou-se de um povoado que se desenvolveu em torno de postos de registros e de quartéis. A resistência dos mineradores ao pagamento do quinto do ouro levou à proliferação das lavras clandestinas e gerou conflitos armados entre os bandeirantes paulistas e a Capitania de Minas Gerais.

A região foi palco de várias disputas territoriais, mas, com os conflitos cessados, o povoado continuou a se desenvolver nos locais das fortalezas. Em 1880, foi criado o distrito de São Sebastião e São Roque do Bom Retiro, que posteriormente teve seu nome reduzido para Bom Retiro. Sua denominação atual foi dada em 1943. Dez anos mais tarde, Bom Repouso foi elevado a município. A festa de São Sebastião e São Roque é prestigiada por toda a População local, quando São promovidos leilões de gado, apresentações de bandas de música e outras atrações.