A povoação dos Sertões do Rio Preto se deve, em princípio, à proximidade com os caminhos para as Minas Gerais e com o mercado consumidor da então capital, Rio de Janeiro. Entre estes dois pólos de desenvolvimento, muitas de suas estradas foram vias de escoamento da produção das fazendas originárias das antigas sesmarias distribuídas na região, que remetiam os seus produtos para o Rio de Janeiro ou para as Minas Gerais. Algumas estradas serviam, também, como desvios para os carregamentos de ouro que não queriam passar pelos registros.

Os primeiros povoados da região do Rio Preto foram constituídos pelas famílias mineiras que atravessavam o rio Paraíba do Sul em busca de novas terras para a agricultura, principalmente a cultura do milho, depois da queda da atividade de mineração.

Também vieram os plantadores de café, trazendo a experiência do plantio realizado em outras regiões da província. Completaria este quadro a presença de colonos portugueses e, a seguir, de italianos.

No início do século XIX, D. João VI distribuiu sesmarias e incentivou o plantio de café, que veio a se constituir na nova riqueza nacional. Na província do Rio de Janeiro, a cultura do café produziu os seus primeiros efeitos com a criação das grandes fazendas e o surgimento dos barões do café. Em São José, podemos citar como exemplos dessa nobreza latifundiária os Barões de Águas Claras e de Bemposta.

São José deve à cafeicultura a construção das grandes sedes centenárias das Fazendas do Calçado Grande, Nossa Senhora do Belém, Sossego e Águas Claras. A lavoura do café aumentou, consideravelmente, o emprego da mão-de-obra escrava, que muito contribuiu para a efetivação de um novo ciclo de desenvolvimento no Vale do Paraíba. Novos caminhos foram abertos, a exemplo do que ligava a região a Minas Gerais, passando pelas atuais terras de Areal, São José do Vale do Rio Preto, Sapucaia, Teresópolis e Sumidouro.

O ciclo do café começou a desmoronar-se com o esgotamento do solo, a libertação dos escravos e a queda internacional do preço do produto, de 1888 a 1929. A crise que se seguiu à derrocada do café fez com que a região do Rio Preto, a exemplo de outras, sofresse um período de retrocesso econômico. Casas comerciais fecharam, o que afetou diretamente o crédito agrícola, os trilhos da via férrea foram retirados, as grandes fazendas foram despovoadas e a política dominante dos proprietários de terras entrou em declínio. Muitas famílias venderam seus bens e foram para outras regiões.

Um novo ciclo econômico foi paulatinamente se instalando em São José do Rio Preto através da avicultura, que trouxe de volta o desenvolvimento. O ciclo da avicultura harmonizou-se com a agricultura, com o fornecimento de adubo para a lavoura. A olericultura também tomou grande vulto na economia riopretana.

De 1950 a 1960, no auge da avicultura, São José do Rio Preto foi considerado o maior centro avícola da América do Sul. Começaram, nesta época, a surgir novos loteamentos, Comércios, colégios, hospital, trazendo crescimento e progresso.

O imenso território da freguesia de São José do Rio Preto, desmembrado da antiga freguesia de Inhomirim, sofreu vários desmembramentos, como a freguesia de Cebolas e o curato de Matosinho, em 1839; a freguesia de Nossa Senhora Aparecida, em 1842; a freguesia de São Pedro de Alcântara, em 1846 (origem do município de Petrópolis); e, finalmente, a freguesia de Nossa Senhora da Conceição de Bemposta, em 1855.

A futura cidade de Petrópolis, bem como a Área que formou o seu município na bacia do Rio Piabanha, constituía um curato daquela freguesia e obedecia administrativamente às autoridades de São José do Rio Preto. Em 1833, a povoação de Paraíba do Sul recebe o predicamento de vila, compreendendo São José do Rio Preto. Em 1857, foi conferida à colônia de Petrópolis foros de cidade. Porém, não lhe coube o território de São José do Rio Preto, que se conservou, então, ainda dependente da administração de Paraíba do Sul.

Em 1892, entretanto, a freguesia de São José do Rio Preto foi incorporada a Petrópolis como seu 5º Distrito, conseguindo sua emancipação somente em 1987, por força da Lei n.º 1.255, de 15 de dezembro daquele ano, quando surgiu o município de São José do Vale do Rio Preto, com instalação dada em 1º de janeiro de 1989.