A época de desbravamento da região acha-se ligada ao ciclo do ouro, intensificando-se quando bandeirantes e faiscadores atingiram a região de Três Rios, na foz do rio Paraibuna, que nasce em Minas Gerais, no rio Paraíba do Sul. Nas primeiras décadas do século XVIII, ocorre o desbravamento da região, com a abertura do “CaminhoNovo do Tinguá”, por Garcia Rodrigues Paes. Seu objetivo era fazer chegar ao Rio de Janeiro, em tempo menor e com maior segurança, todo o quinto do ouro arrecadado na região das Minas Gerais.

Verifica-se a formação de alguns núcleos na Área, como o de Nossa Senhora de Monte Serrat, que passou a desempenhar importante papel no estabelecimento do registro, com a finalidade de evitar o contrabando de ouro e diamantes, e arrecadar os direitos reais de passagem. Outros núcleos que também se desenvolveram na região, como os de Nossa Senhora de Bemposta e São Sebastião de Entre Rios, eram incentivados pelo fato de essa zona constituir o acesso entre Rio de Janeiro e Minas.

O processo de desenvolvimento econômico de Três Rios operou-se graças à introdução da cultura do café no século XIX. Com a decadência da cafeicultura, porém, as terras foram ocupadas para agricultura de subsistência e pecuária de corte, posteriormente transformada em pecuária leiteira.

A partir da inauguração da Estação das Diligências da Companhia União e Indústria, em 23 de junho de 1861, a localidade de Entre Rios passou a ser beneficiada por vários melhoramentos, convertendo-se em grande centro comercial. Em 1867 foi implantada a Estrada de Ferro D. Pedro II, com cruzamento da estrada de rodagem no local, tornando o núcleo importante entroncamento rodoferroviário.

Apesar do progresso experimentado, somente após a República, em 1890, foi criado o distrito de Entre Rios que, juntamente com Monte Serrat, Areal e Bemposta, fazia parte do município de Paraíba do Sul. Em 1938, pelo Decreto n.º 643, de 14 de dezembro, esses distritos foram desmembrados daquele município e constituíram o
município de Entre Rios, com instalação em 1º de janeiro de 1939. Todavia, o município, nascido com a toponímia de Entre-Rios, viu-se obrigado por órgãos federais, no início dos anos 40, a mudar a sua denominação pela triplicidade do nome existente em outros municípios brasileiros. A partir de 31 de dezembro de 1943, o município de Entre-Rios passou a chamar-se Três Rios, numa clara conotação aos três mais importantes rios que cortam seu território: Paraíba do Sul, Piabanha e Paraibuna.

A cidade tem características de centro urbano de entroncamento, tendo-se desenvolvido em função da ferrovia e da rodovia, desprezando o eixo fluvial responsável por sua origem Números afluentes e confluência dos Rios Paraibuna e Piabanha com o Paraíba do Sul. A criação do anel rodoviário em torno da cidade modificou a fisionomia urbana. A via férrea, entretanto, permanece no interior da malha urbana, com grande pátio de manobras no centro da cidade.