Originário de Vassouras, a evolução histórica de Paty do Alferes acha-se ligada à daquele município e à expanSão da cultura cafeeira no vale fluminense do Rio Paraíba do Sul.

A penetração na Área do atual município de Paty do Alferes teve origem nas primeiras explorações que visavam transpor a Serra do Mar, com a abertura do Caminho Novo do Tinguá no século XVII. Os tropeiros que subiam o Rio das Mortes, em direção a Sacra Família do Tinguá, fixaram o ponto de passagem em pequena várzea. O sertanista Garcia Rodrigues Paes se deparou com as terras do Alferes Leonardo Cardoso da Silva, no "Sertão Bravio da Serra Acima". Conhecidas na época como "Roça do Alferes", nelas havia grande quantidade de patis-palmeiras de pequeno porte. Daí o nome atual.

A cidade ostentou o nome de Freguesia de Nossa Senhora da Conceição do Alferes, denominação da capela de propriedade de um outro alferes, onde foi rezada a primeira missa em 1739. Somente em 1820 é que foi fundada a vila de Paty do Alferes pelo Rei de Portugal, D. João VI, com a conseqüente emancipação, dada por Alvará de 04 de setembro daquele ano.

Em 1739, já existiam na região propriedades como as fazendas Pau Grande, Manga Larga, do Governo e da Freguesia, onde hoje se situa a localidade de Arcozelo. As lavouras de café expandiram-se por toda região, constituindo-se em fator de progresso e acentuada dinamização da economia local. Esse surto de desenvolvimento motivou a criação da freguesia de Nossa Senhora de Vassouras, em 1837, tendo como sede a vila de Vassouras que, em 1857, foi transformada em cidade e sede do município.

Nesse período ali viveu o líder negro de escravos Manoel Congo. Ele reuniu sob sua liderança escravos amotinados fugitivos de diversas fazendas da região, tendo sido preso e enforcado em 1839.

Durante um século e meio, Paty do Alferes permaneceu como distrito de Vassouras, até 1º de janeiro de 1989, quando o município foi instalado, em função da edição da Lei n.º 1.254, de 15 de dezembro de 1987.